היסטוריה-

עונתה הראשונה של הקבוצה המאוחדת הייתה 1999/2000, בה שיחקה הקבוצה בליגת העל, הליגה הבכירה. בעונות הראשונות לאיחוד צבע המועדון היה תכלת, כמחווה לחיים רביבו שגדל בעיר אשדוד, שיחק בהפועל אשדוד בילדותו, ובאותה עת שיחק בקבוצה הספרדית סלטה ויגו (ששיחקה בצבע תכלת).

הקבוצה נהנתה מדור צעיר של שחקני בית שעלו אל הקבוצה הבוגרת בעונת האיחוד שהבולט מביניהם היה ברוך דגו. את הקבוצה הנהיג הקפטן אלון חזן, ששב לעיר נעוריו. במשחקה הראשון כקבוצה מאוחדת, הביסה מועדון ספורט אשדוד את מכבי נתניה 6–0. את העונה הבאה פתחה הקבוצה בהנהגת המאמן המקומי מירו בן שמעון. הקבוצה פתחה את העונה ברצף של הפסדים ובתווך גם מכרה את שחקנה הצעיר והכישרון המקומי המבטיח ברוך דגו למכבי תל אביב. לאחר רצף של עשרה הפסדים רצופים פוטר המאמן בן שמעון והחליף אותו אלישע לוי. לוי הצליח לשבור את רצף ההפסדים עם ניצחון על צפרירים חולון. מכאן ואילך הקבוצה הלכה והשתפרה ובסופו של דבר הצליחה להישאר בליגה בצורה דרמטית בעוד שלליגה השנייה ירדה קבוצת בני יהודה תל אביב.

בעונת 2001/2002, בהדרכתו של אלישע לוי, הגיעה הקבוצה להישג השיא שלה עד אז. בסיומה של עונה מצוינת סיימה במקום הרביעי. לראשונה בתולדותיה הגיעה הקבוצה לגמר גביע הטוטו ונוצחה 2–4 על ידי קבוצת הפועל תל אביב. באותה עונה קידמה הנהלת הקבוצה בראשות ג'קי בן זקן שילוב של שחקני בית צעירים כמו חנן פדידה ויניב עזרן. השחקנים הצעירים הללו פרחו לצדם של אלון חזן הוותיק והזר הפולני אנדז'יי קוביקה. אשדוד העפילה לגביע האינטרטוטו בזכות הגעתה למקום הרביעי. בקיץ 2002שיחקה הקבוצה לראשונה במסגרת אירופאית. לאחר שחלפה על פני קבוצת פ.צ ברנו מהליגה הצ'כית, הוגרלה אשדוד בסיבוב המוקדמות השני מול קבוצת מרק דופניצה מהליגה הבולגרית והודחה לאחר 1–2 בסיכום שני המפגשים.

בעונת 2002/2003 שונו מדי הקבוצה מצבעם התכול לאדום-צהוב, שמסמל את האיחוד בין שתי הקבוצות (הפועל אשדוד שיחקה בצבע אדום, ומכבי עירוני אשדוד בצהוב-כחול), וגם כאות סימפטיה נוסף לשחקן חיים רביבו שעבר לשחק בקבוצה הטורקית גלאטסראיי (שמשחקת בצבע אדום-צהוב). הקבוצה, למרות ציפיות גבוהות בתחילת העונה, הסתבכה בתחתית וניצלה מירידה לליגת המשנה רק עם סיום העונה. עם פתיחת עונת 2003/2004, לאחר עונה בה נאבקה מ.ס. אשדוד בתחתית, החליטו בקבוצה לבנות קבוצה חדשה לגמרי. בקבוצה הוחתם קפטן הפועל תל אביב הוותיק יוסי אבוקסיס, כמו גם אסי דומב, איציק זוהר ואילן בכר, וגולת הכותרת הייתה הגעתו מטורקיה של בן העיר חיים רביבו שהגיע לקבוצה לסיים בה את קריירת הכדורגל שלו. מטרת הפרויקט הייתה להביא תואר אליפות היסטורי לעיר וכן למשוך קהל אלפים אל אצטדיון הי"א, אך המטרות לא הושגו. במהלך העונה אלישע לוי פוטר, רביבו נפצע ופרש מוקדם מהצפוי, והקבוצה סיימה באמצע הטבלה רחוקה ממאבק האליפות.
בעונת 2004/2005, תחת הדרכתו של המאמן יוסי מזרחי, הגיעה אשדוד להישג השיא שלה: היא סיימה במקום השלישי, שזיכה אותה בהשתתפות בגביע אופ"א. בנוסף בעונה זו הגיעה הקבוצה עד לגמר גביע הטוטו, בו הפסידה בפנדלים להפועל פתח תקווה. לאחר שהדיחה קבוצה מסן מרינו (0-8 בסיכום שני מפגשים) במסגרת סיבוב המוקדמות הראשון של גביע אופ"א, הוגרלה אשדוד מול דומז'אלה, סגנית האלופה הסלובנית. המשחק הראשון התקיים באצטדיון בלומפילד ב-11 באוגוסט 2005 והסתיים בתיקו 2–2, ומשחק הגומלין שנערך ב-25 באוגוסט הסתיים בתוצאה 1–1, שהביאה להדחתה של הקבוצה מאירופה בשל נחיתות במאזן שערי חוץ. בעונת 2005/2006 הגיעה הקבוצה בפעם השלישית לגמר גביע הטוטו. ושוב נוצחה, הפעם על ידי קבוצת מכבי חיפה בתוצאה 0–3. עונת 2007/2008 החלה עם אלון חזן בתפקיד המאמן, אך הקבוצה לא היטיבה לשחק תחת הדרכתו ונאבקה על מקומה בתחתית הליגה. חזן עזב את הקבוצה לבסוף, ובשני המשחקים האחרונים באותה עונה המאמן היה שחקן העבר והבעלים חיים רביבו. אשדוד הצליחה להישאר בליגה רק במחזור האחרון.

בעונת 2008/2009 תחת הדרכתו של המאמן יוסי מזרחי, הגיעה הקבוצה בפעם הרביעית לגמר גביע הטוטו שם הפסידה 0–1 למכבי תל אביב. במסגרת גביע המדינה הגיע הקבוצה לרבע הגמר שם הפסידה להכח עמידר רמת גן, ובמסגרת הליגה סיימה הקבוצה במקום השמיני. בעונת 2009/2010 העפילה הקבוצה לפלייאוף העליון, וסיימה את העונה במקום השישי בטבלה. בגביע המדינה הגיעה עד חצי הגמר, בו הודחה על ידי בני יהודה תל אביב בבעיטות הכרעה.

בעונת 2010/2011 החתים המועדון את המאמן האנגלי ג'ון גרגורי למשך שלוש עונות בקבוצה, אך גרגורי התפטר מתפקידו לקראת סיומה של אותה העונה. במקומו שוב מונה יוסי מזרחי. באותה עונה סיימה הקבוצה בפלייאוף התחתון במקום ה-12, בנוסף הגיעה לרבע גמר גביע המדינה שם הפסידה למכבי נתניה בפנדלים. בעונת 2011/2012 נאבקה הקבוצה על המקום הראשון במשך שלבים רבים בעונה, אך סיימה אותה במקום ה-7.

בעונת 2012/2013 שברה הקבוצה שיא מאז הקמתה לאחר שהשיגה 5 ניצחונות ב-5 המחזורים הראשונים, אך לאחר מכן חלה ירידה ביכולתה והיא סיימה את העונה במקום השביעי. לקראת עונת 2013/2014 מונה ניר קלינגר למאמן הקבוצה. בסיום עונת 2014/2015 ירדה הקבוצה לליגה הלאומית לראשונה מאז הקמת המועדון המאוחד, לאחר שבמחזור האחרון של ליגת העל, ב-16 במאי 2015, הפסידה 0–1 להפועל תל אביב וסיימה את העונה במקום האחרון.

בעונת 2015/2016 בליגה הלאומית סיימה הקבוצה במקום הראשון, תחת הדרכתו של המאמן רוני אוואט, והעפילה בחזרה לליגת העל. בתחילת עונת 2016/2017 המשיך אוואט לשמש כמאמן, ובנובמבר 2016 חזר יוסי מזרחי למועדון ומונה למנהל ספורטיבי. בפברואר 2017 מונה רן בן שמעון לתפקיד המאמן, ואוואט מונה לעוזרו. את העונה סיימה הקבוצה במקום התשיעי בליגה.

בתחילת עונת 2017/2018 שוחרר המאמן רן בן שמעון לאימון נבחרת קפריסין ובמקומו מונה ראובן עטר. לאחר שישה מחזורים בהם השיגה הקבוצה נקודה אחת בלבד ודורגה במקום האחרון פוטר עטר, ובמקומו מונה עמיר תורג'מן כמאמן הקבוצה. לקראת סוף העונה ב-24 באפריל 2018, בעקבות סכנת ירידה של הקבוצה, פוטר תורג'מן מהקבוצה, והמנהל הספורטיבי והמאמן לשעבר יוסי מזרחי חזר זמנית לעמדת המאמן על הקווים. הקבוצה סיימה את העונה במקום ה-12 בטבלה, ולאחר שניצלה מירידה מונה למאמן בלגויה מילבסקי המקדוני, שחקן העבר של הקבוצה, ופוטר ב-13 בנובמבר 2018 לאחר ההפסד 4:3 לבני סכנין.